生物数据库专用数据库 文献数据库PubMed三大核酸信息库NCB I（GenBank）美国ENA 欧洲DDBJ 日本数据库联盟 INSDC基因组数据库：Ensemble 是由欧洲生物信息学研究所和英国桑格研究院合作开发的微生物宏基因组数据库：jcvi二级核酸数据库RefSeq ：参考序列数据库dbEST ：表达序列标签数据库Gene ： 为用户提供基因序列注释和检索服务ncRNAdb ： 非编码RNA数据库，提供非编码RNA序列和功能信息miRBase ： 主要存放已发表的micro RNA序列和注释。蛋白质数据库一级蛋白质序列数据库swissprot ：人工注释的蛋白质序列数据库 可信度高 冗余度小TrEMBL ： 由计算机完成的注释 可信度低 冗余度大PIR ： 蛋白质信息资源库 共同组成：UniProt 分三层UniParc ： 收录所有的UniProt数据库子库中的蛋白质序列，量大，粗糙UniRef ：归纳UniProt几个主要数据库并将重复序列去除后的数据库UniProtKB ： 有详细注释并与其他数据库有链接的数据库非标注残基包括以下索引词HET ： 非标准残基及位置HETNAM：非标准残基的化学名称FORMUL：非标准残基的化学式LINK ： 残基间化学键ATOM ： 原子坐标二级蛋白质数据库Pfam ： 蛋白质结构域家族的结合CATH： 四种结构的首字母SCOP2 ：蛋白质结构类数据库专项数据库KEGC：关于基因、蛋白质、生化反应以及通路的综合生物信息数据库，由多个子库组成OMIM：遗传病基因库