生物数据库
专用数据库 文献数据库PubMed
三大核酸信息库
NCB I（GenBank）美国
ENA 欧洲
DDBJ 日本
数据库联盟 INSDC

基因组数据库：Ensemble 是由欧洲生物信息学研究所和英国桑格研究院合作开发的
微生物宏基因组数据库：jcvi

二级核酸数据库
RefSeq ：参考序列数据库
dbEST ：表达序列标签数据库
Gene ： 为用户提供基因序列注释和检索服务
ncRNAdb ： 非编码RNA数据库，提供非编码RNA序列和功能信息
miRBase ： 主要存放已发表的micro RNA序列和注释。

蛋白质数据库
一级蛋白质序列数据库
swissprot ：人工注释的蛋白质序列数据库 可信度高 冗余度小
TrEMBL ： 由计算机完成的注释 可信度低 冗余度大
PIR ： 蛋白质信息资源库 共同组成：UniProt 分三层
UniParc ： 收录所有的UniProt数据库子库中的蛋白质序列，量大，粗糙
UniRef ：归纳UniProt几个主要数据库并将重复序列去除后的数据库
UniProtKB ： 有详细注释并与其他数据库有链接的数据库

非标注残基包括以下索引词
HET ： 非标准残基及位置
HETNAM：非标准残基的化学名称
FORMUL：非标准残基的化学式
LINK ： 残基间化学键
ATOM ： 原子坐标

二级蛋白质数据库
Pfam ： 蛋白质结构域家族的结合
CATH： 四种结构的首字母
SCOP2 ：蛋白质结构类数据库

专项数据库
KEGC：关于基因、蛋白质、生化反应以及通路的综合生物信息数据库，由多个子库组成
OMIM：遗传病基因库