Dynamic PDB：一个大规模的蛋白质动态行为数据集，通过分子动力学模拟捕捉了约12.6K个蛋白质的构象变化。每个蛋白质都经过持续 1 微秒的全原子分子动力学 （MD） 模拟以捕获构象变化。
数据集地址：https://www.selectdataset.com/dataset/e4a7ba0ebe4e6ed014d8865b5100df9e

2024-09-01 ,在蛋白质结构研究领域，复旦大学的研究团队创建了Dynamic PDB数据集，这是一种新的数据集 Dynamic PDB，目的在捕获蛋白质的动态行为，以及一套全面的物理特性，例如原子速度和力、势能和动能以及模拟环境的温度。弥补了传统静态蛋白质数据库的不足，为深入理解蛋白质的动态行为和相关模型设计提供了宝贵的资源。



一、研究背景：
蛋白质作为生物体内的重要分子，不仅其静态结构对科学研究至关重要，其动态行为同样是理解其功能的关键。然而，动态蛋白质数据集的有限可用性、多样性和异质性限制了对蛋白质动态行为的深入研究。

目前遇到的困难和挑战:

1、动态蛋白质数据集的规模和多样性不足，难以全面捕捉蛋白质的动态变化。

2、缺乏包含详尽物理属性信息的数据集，如原子速度、力、能量等，这些信息对于理解蛋白质动态行为至关重要。

3、现有数据库主要关注蛋白质的静态结构，对动态行为的分析和预测能力有限。

数据集地址：https://www.selectdataset.com/dataset/e4a7ba0ebe4e6ed014d8865b5100df9