可以使用软件包管理系统在命令行下安装、更新或删除软件、虽然大部分Linux发行版配备了漂亮的GUI工具来管理软件包，但你也可以在命令行下完成同样的工作。基于Debian的Linux发行版使用dpkg工具作为软件包管理系统的命令行接口，使用apt-cache工具和apt-get工具作为常用仓库接口，以方便下载和安装新软件。apt是这些工具的前端，提供了简单的命令行选项来处理dpkg格式的软件包。基于Red Hat的Linux发行版都已rpm工具作为基础，但采用了不同的命令行前端工具。Red Hat、Centos和Fedora使用dnf安装和管理软件包。openSUSE发行版则使用zypper。应用程序容器算是软件包管理中相对较新的选手。应用程序容器将应用程序运行所需的所有文件集中在一个可安装的软件包中。这意味着应用程序不再需要库文件等任何外部依赖，容器可以在任何Linux发行版本中安装运行。目前两种最流行的容器包是snap和flatpak，前者用于Ubuntu Linux，后者用于Red Hat Linux.以源代码安装是很古老的方式了，先通过tar命令解压，然后使用configure命令和make命令构建最终的可执行程序。