安装R包 Linux下安装R包一般有2种方式： 1. R CMD INSTALL 下载源码 R CMD INSTALL /.../mypackage.tar.gz 也可指定安装库路径： R CMD INSTALL /.../mypackage.tar.gz --library=/your/lib/path 更多参数--help一下 2. install.packages which R查看下路径，是否是刚才自己安装的R。敲R，或全路径进入R install.packages('mypackage')，这种方式针对CRAN包。 一般会让你选择镜像。选择自己最近的，有的镜像所含的R包不是很全，需要换一下。如果没有自己想要的镜像，也可自己指定（在R官网中可查镜像https://cran.r-project.org/mirrors.html）。 install.packages("packages","repos" = (CRAN="https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/"),lib="/lib/path") 以上针对的是CRAN中的包，如果是 bioconductor包呢？ 先装BiocManager，再安装所需R包即可。 install.packages("BiocManager") #如已安装，后续安装不再需要 BiocManager::install("clusterProfiler") 不推荐以下安装方法，速度会很慢。 source("http://bioconductor.org/biocLite.R") biocLite("mypackage") 如果不指定R包安装的路径，R包会安装在/your/R/lib64/R/library中，这也是R自带的基础包的目录。