在linux中运行Plink1.9,会遇到软件选择未知问题:
#代码:
plink --file toy --freq --out toy_analysis
#报错
plink: unknown option "--file"
这里的问题是因为有两个不同的程序叫做 plink
1. 命令行连接实用程序plink
2. GWAS工具包plink
调用plink,将执行第一个。
要运行第二个,则需要调用plink路径。
怀疑是手动安装了一个plink,用Rstudio调用的时候又提示安装。遂安装了第二个。